Muchas fuentes de agua dulce para las islas no son permanentes, lo que complica la situación de todos sus habitantes. Las islas se proveen de agua dulce de las precipitaciones; las fuentes naturales, como pozos; los manantiales y las grietas; las plantas desalinizadoras; y del agua embotellada que proviene del continente.
Es función de las precipitaciones, el archipiélago cuenta con dos temporadas mas o menos definidas. La temporada seca se produce como resultado de la influencia de la corriente fría de Humboldt, y abarca de junio a diciembre. Se caracteriza por la presencia de un cielo azul y lluvias. En cambio, la temporada caliente se extiende de diciembre a mayo, y el clima es tropical, con lluvias diarias y cielo nublado. en términos generales el archipiélago recibe una precipitación media anual de 60 a 100 mm.
La precipitación anual en la parte baja de las islas alcanza apenas unos 100 mm, la temperatura del aire oscila entre 21 y 29 ºC y la del mar es muy baja. Todo esto es el resultado, como se menciono con anterioridad, de la influencia de la profundidad de la corriente marina de Humboldt, que se origina en el pacifico sur y que emerge en una región cercana a las islas Galápagos. Esta corriente marina, de agua relativamente fría, produce inversiones térmicas que impiden la precipitación pluvial y generan zonas muy secas en las partes terrestres cercanas a la corriente, como en las costas de Chile y Perú ( donde se encuentra el desierto de Atacama) y desde luego, en las Galápagos. Es esta escasez de agua la que define los ecosistemas únicos de Galápagos, y que determina la naturaleza y el comportamiento de las especies.
Las fuentes naturales de agua dulce son muy limitadas y no están presentes en todas las islas. Por ejemplo, en Santa Cruz existe agua salina en grietas y quebradas, que abastece al poblado de Puerto Ayora, pero, debido a que no existe un sistema de canalización para las aguas servidas, las vertientes están contaminadas, lo que afecta la salud de los habitantes. En Isabela se extrae agua de pozos, y en Floreana, de pequeños
manantiales.
La isla San Cristóbal es la única que cuenta con agua dulce proveniente de fuentes subterráneos, ubicadas en la zona alta; sin embrago, este recurso no abastece a toda la población.
Las plantas desalinizadoras recolectan y filtran agua salina, de tal manera que sea apta para el consumo humano. Mas adelante el agua se embotella y se distribuye entre la población. También llega a las islas agua potable y embotellada desde el continente, a precios muy elevados. Bajo estas circunstancias, es comprensible que existan limitaciones para cubrir la demanda de la población, mas aun para las labores agrícolas, que tendrán que esperar exclusivamente el aporte de las agua lluvias.
